Država je odgovorna za gospodarenje opasnim otpadom i za spaljivanje otpada. Županija i Grad Zagreb odgovorni su za gospodarenje ostalim vrstama otpada. Grad i općina odgovorni su za gospodarenje komunalnim otpadom.
Ministarstvo zaštite okoliša i prirode obavlja upravni nadzor i inspekcijski nadzor nad primjenom Zakona o otpadu i njegovih podzakonskih propisa kao i Zakona o komunalnom gospodarstvu, u okviru koga je komunalna djelatnost odlaganja komunalnog otpada te sakupljanje i odvoz komunalnog otpada na uređena odlagališta. Inspekcijski nadzor obavlja inspekcija zaštite okoliša .
Agencija za zaštitu okoliša prikuplja, objedinjava i vodi podatke u skladu sa Zakonom o otpadu, vodi informacijski sustav gospodarenja otpadom, izrađuje izvješće o stanju na području gospodarenja otpadom.
Fond za zaštitu okoliša i energetsku učinkovitost osigurava dodatna sredstva za financiranje projekata, programa i sličnih aktivnosti u području zaštite i unapređenja okoliša,nadležnost pri donošenju upravnih akata u svezi plaćanja naknada i posebnih naknada, vođenje očevidnika obveznika plaćanja.
Na regionalnoj razini za gospodarenje otpadom nadležna su Upravna tijela županija odnosno Grada Zagreba koja obavljaju poslove u području zaštite okoliša.
U općinama/gradovima poslove vezano za gospodarenje otpadom obavljaju različita upravna tijela (najčešće jedinstveni upravni odjeli).