Suradnja s drugim institucijama

Agencija usko surađuje s institucijama nadležnim za praćenje podataka o zaštiti prirode. Prema Zakonu o zaštiti okoliša (NN 80/13) čl. 145. stavak 1. u svrhu praćenja stanja okoliša te za potrebe Informacijskog sustava zaštite okoliša i izvješćivanja, na prijedlog ministra, Vlada posebnom odlukom određuje referentne centre Agencije. Referentni centri prikupljaju i analiziraju podatke o praćenju stanja okoliša uključujući i pokazatelje s Nacionalne liste pokazatelja te dostavljaju Agenciji. Na tematskom području prirode temeljem navedenoga Zakona referentni centar još nije uspostavljen.  Poslove referentnoga centra temeljem sporazuma obavlja Državni zavod za zaštitu prirode.

Suradničke institucije u RH: 

Državni zavod za zaštitu prirode
Ministarstvo zaštite okoliša i prirode 
Ministarstvo poljoprivrede
Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova Europske unije
Sveučilište u Zagrebu, PMF Zagreb, Biološki odsjek
Sveučilište u Zagrebu, Šumarski fakultet
Hrvatski šumarski institut
Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet
Hrvatska poljoprivredna agencija
Hrvatsko društvo za biološka istraživanja

Javna ustanova Maksimir

Međunarodne suradničke institucije:

European Environment Agency (EEA)
EIONET, ETC on Biological Diversity
Ministarstvo za okolje in prostor
Agencija Republike Slovenije za okolje   
Zavod Republike Slovenije za varstvo narave