Agencija za zaštitu okoliša ustrojena je kao jedinstvena pravna osoba, s obvezama i odgovornostima koje ima na osnovu zakona, Statuta i odluka osnivača. Djelatnost Agencije od javnog je interesa i od interesa za Republiku Hrvatsku.
Agencijom upravlja Upravno vijeće od 5 članova (4 imenuje ministar zaštite okoliša, prostornog uređenja i graditeljstva, a jednoga Agencija). Radom agencije rukovodi ravnatelj/-ica, kojega/koju na temelju natječaja imenuje ministar/-ica zaštite okoliša.
Ustroj Agencije za zaštitu okoliša:
- Sektor praćenja stanja okoliša
- Sektor razvoja informatičkih sustava
- Sektor razvoja, projekata i međunarodne suradnje
- Sektor općih poslova,
s ukupno 11 Odjela.